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关于 Primer Pair Locator

Primer Pair Locator(PP-Locator,引物对物理定位服务)由四川省农业科学院生物技术核技术研究所开发,用于根据引物对 DNA 序列直接在参考基因组染色体序列上找到其可能的物理定位。开发初衷是为小麦及其近缘物种分子标记定位提供便利。该服务基于 NCBI-BLAST+ 工具包,根据 blast 结果找到上下游引物对可能的匹配位置,并提供简单的作图展示功能。

PP-Locator 提供以下功能:

  1. 通过复制粘贴引物对 DNA 序列,一次将多对引物比对到某个基因组的一条或多条染色体。
  2. 可根据需求,添加自定义数据库。
  3. 可在“任务状态”页面查看原始 blast 结果、定位结果和定位图。
  4. 可在“绘图”页面对多条染色体结果进行绘图。

依赖

PP-Locator 主要依赖于:

  1. NCBI-BLAST+ suite (v2.8.1+).
  2. Perl real-time web framework Mojolicious (v8.12).
  3. Perl modules not in CORE
    • Config::Tiny - Read/Write .ini style files with as little code as possible
    • JSON - JSON (JavaScript Object Notation) encoder/decoder
  4. JavaScript libraries
    • D3.js: a JavaScript library for manipulating documents based on data (v7.0.0).
    • FileSaver.js: An HTML5 saveAs() FileSaver implementation.
    • jscolor.js: a JavaScript color picker with opacity channel (v2.4.5).